ด้วยการตระหนักดีว่า การวิจัยและพัฒนา Research and Development และการสร้างสรรค์นวตกรรมเป็นความจำเป็นและมีความสำคัญต่อการพัฒนาการสหกรณ์เป็นอย่างยิ่ง ดังนั้น สถาบันวิชาการด้านสหกรณ์ จึงได้ดำเนินการในภารกิจด้านการวิจัย โดยมีสำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย (สกว.) เป็นแหล่งทุนสนับสนุนที่สำคัญอย่างต่อเนื่องนับตั้งแต่ปี  2543 เป็นต้น โดยมีกรอบการดำเนินการวิจัยในระหว่างปี 2543 - 2549 ภายใต้ชุดโครงการวิจัยสหกรณ์ โดยมุ่งหวังว่าการวิจัยเชิงปฏิบัติการแบบมีส่วนร่วมที่เกิดจากความร่วมมือระหว่างภาคีนักวิจัย นักวิชาการ นักสหกรณ์ ผู้นำชุมชน ผู้ประกอบการ และประชาชนจะนำไปสู่บรรยากาศ "คนในสังคมมีจิตวิญญาณร่วมมือกัน" เพื่อพัฒนาประเทศ ในปี 2559 ซึ่งเป็นปีที่ประเทศก้าวเข้าสู่ 1 ศตวรรษ สหกรณ์ไทย

การขับเคลื่อนการดำเนินงานของชุดโครงการวิจัยเป็นไปภายใต้ road map ที่ได้ออกแบบไว้

พัฒนาการของการวิจัยระหว่างปี 2543- 2555การดำเนินการวิจัยของสถาบันวิชาการด้านสหกรณ์ส่วนใหญ่อยู่ภายใต้ฐานการทำงานของชุดโครงการวิจัยการขับเคลื่อนการพัฒนาการสหกรณ์และการค้าที่เป็นธรรม ภายใต้การสนับสนุนของสำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย (สกว.)โดยส่วนใหญ่เป็นลัษณะการวิจัยเชิงปฏิบัติการแบบมีส่วนร่วม ระหว่าง ภาคี ที่เป็นนักวิจัยนักสหกรณ์ผู้นำชุมชนและผู้ประกอบการเอกชน

การวิจัยในช่วงแรก (ปี พ.ศ. 2543 - 2546) มุ่งเน้นไปที่การวิจัยเพื่อวางกรอบทิศทางเชิงยุธศาสตร์เพื่อการพัฒนาสหกรณ์และได้นำไปใช้ประโยชน์ในการวางแผนพัฒนาสหกรณ์ฉบับที่ 1 และฉบับที่ 2

การวิจัยในช่วงที่สอง (ปี พ.ศ. 2543 - 2549) เป็นการขับเคลื่อนยุธศาสตร์เพื่อพัฒนาขีดความสามารถของคนในองค์กรโดยใช้ชุดความรู้ "การเชื่อมโยงเครือข่ายคุณค่า" เป็นนวตกรรมการขับเคลื่อนการวิจัยร่วมกับภาคีทั้งภาคขบวนการสหกรณ์และชุมชนไห้เป็นการวิจัยในเชิงพื้นที่ และได้ทำการวิจัยครอบคลุมพื้นที่ 45 จังหวัดทั่วประเทศ

การวิจัยในระยะที่สาม (ปีพ.ศ. 2550 - 2551) เป็นการขับเคลื่อนการวิจัยเพื่อพัฒนาธุรกิจสหกรณ์การค้าที่เป็นธรรม ได้ผลลัพธ์ออกมาเป็นเครือข่ายคุณค่าข้าวคุณธรรม เครื่อข่ายคุณค่าผลไม้ ฯลฯ

การวิจัยในระยะที่สี่ (ปี พ.ศ. 2552) เป็นการขับเคลื่อนการพัฒนาเครือข่ายธุรกิจภายใต้โซ่อุปทานร่วมกับภาคีเพื่อลดข้อจำกัดในระบบธุรกิจเสรีได้ผลลัพธ์เป็นแบรนด์เชิงคุณค่า เช่นข้าวคุณธรรม ข้าวเกิดบุญ

การวิจัยในระยะที่ห้า (ปี พ.ศ. - 2553 - 2554) เป็นการนำชุดความรู้โซ่อุปทานมาใช้ในธุรกิจสหกรณ์ ซึ่งเป็นผลลัพธ์ในรูปของตัวแบบธุรกิจทางเลือกเช่น Farmer Shop กลุ่มธุรกิจเชิงคุณค่าสามพราน และกรอบการพัฒนาระบบคุณค่าการค้าที่เป็นธรรม

การวิจัยในระยะที่ 6 (ปี พ.ศ. 2555) เป็นการพัฒนาตัวแบบธุรกิจที่พัฒนาระบบการค้าที่เป็นธรรม โดยเป็นการพึ่งพาตนเองซึ่งผลลัพธ์จากการวิจัยได้เป็นกรอบการพัฒนาตัวแบบธุรกิจฐานสังคม (Social Economy Enterprise SEE) และข้อเสนอเชิงนโยบายในรูปของแผนที่กลยุธเพื่อการขับเคลื่อนธุรกิจฐานสังคมในการเป็นกลไกเพื่อลดความเหลื่อมล้ำกับเศรฐกิจ-สังคมและกลุ่มเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืน